愛鋒貝

標(biāo)題: 只知道化學(xué)結(jié)構(gòu)式，不知道名稱，該如何去搜查化合物的基本 ... [打印本頁]
作者: 妖貝聊科技    時(shí)間: 2023-4-9 22:10
標(biāo)題: 只知道化學(xué)結(jié)構(gòu)式，不知道名稱，該如何去搜查化合物的基本 ...
我只知道藥物化學(xué)結(jié)構(gòu)式，不知道藥物名稱的同時(shí)，我該如何去搜查這些化合物的基本性質(zhì)哇？

-----------------------------
作者: 奮斗92    時(shí)間: 2023-4-10 00:03
1、PubChem

(, 下載次數(shù): 206)
官網(wǎng)：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
PubChem 檢索可得到的結(jié)果包含了分子式、SMILES、2D和3D結(jié)構(gòu)、InChI和InChIKey、相對(duì)分子質(zhì)量、脂水分配系數(shù)、氫鍵受體和供體數(shù)目、可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目、互變異構(gòu)體數(shù)目等基本的結(jié)構(gòu)信息和物化性質(zhì)，除此以外，還有該化合物作為藥物的劑型和商品信息、藥理性質(zhì)、毒性、生物活性檢測(cè)等信息，并通過文獻(xiàn)分類副標(biāo)題可以查看相關(guān)文獻(xiàn)。
PubChem數(shù)據(jù)庫于2004年正式對(duì)方開放使用，這是一個(gè)可以免費(fèi)獲取使用的數(shù)據(jù)庫，其中包含了很多與有機(jī)小分子化學(xué)結(jié)構(gòu)及其生物活性相關(guān)的信息。它包含了結(jié)構(gòu)、命名和計(jì)算物理化學(xué)數(shù)據(jù)，并與NIH PubMed/ Entrez信息鏈接。
PubChem的數(shù)據(jù)信息被劃分成三個(gè)相互關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫，即PubChem Substance、PubChem Compound和PubChem BioAssay，這三個(gè)數(shù)據(jù)庫都隸屬于NCBI的Entrez信息檢索系統(tǒng)。
2、ChemSpider

(, 下載次數(shù): 203)
官網(wǎng)：http://www.chemspider.com/
ChemSpider是一個(gè)隸屬于英國皇家化學(xué)會(huì)的匯總數(shù)據(jù)庫，包含了來自不同資源提供的五千五百多個(gè)化合物信息?，F(xiàn)在，該數(shù)據(jù)庫含有的信息包括海洋天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)、ACD實(shí)驗(yàn)室化學(xué)數(shù)據(jù)庫、EPA的DSSTox數(shù)據(jù)庫以及來自不同供應(yīng)商的一系列化學(xué)物質(zhì)信息。數(shù)據(jù)庫擁有多種搜索工具，而且大多數(shù)化合物都有計(jì)算物理化學(xué)性質(zhì)值。
數(shù)據(jù)庫提供以下查詢方式：標(biāo)準(zhǔn)查詢方式包括系統(tǒng)名稱、商業(yè)名稱和同義詞、登記號(hào)查詢；高級(jí)查詢方式提供互動(dòng)式搜索，通過化合物結(jié)構(gòu)、化合物子結(jié)構(gòu)，分子式以及分子量、CAS編號(hào)、供應(yīng)商等進(jìn)行高級(jí)搜索。還可以對(duì)搜索得到的結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一進(jìn)步的篩選以限定更小的搜尋范圍；ChemSpider還提供以iOS軟件應(yīng)用（iPhone/iPod/iPad）為平臺(tái)的移動(dòng)設(shè)備搜索。同時(shí)也支持安卓系統(tǒng)。
3、Phenol-Explorer

(, 下載次數(shù): 228)
官網(wǎng)：http://phenol-explorer.eu/
Phenol-Explorer是第一個(gè)專門為食品中多酚含量創(chuàng)建的綜合數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫中含有400種食物中500個(gè)不同多酚類物質(zhì)的35,000多個(gè)含量值。這些數(shù)據(jù)信息是從1,300多篇科學(xué)文獻(xiàn)當(dāng)中提及的60,000多種原始含量值中提取而來。在從論文提取數(shù)據(jù)之前，每一篇論文都經(jīng)過了嚴(yán)格認(rèn)真的審查和評(píng)估。用戶可以查詢經(jīng)過各種分析方法鑒定得到的食品、多酚和代謝物。
4、ZINC

(, 下載次數(shù): 187)
官網(wǎng)：http://zinc.docking.org
包含2000多萬個(gè)化合物分子，適用于虛擬篩選。通過ZINCID、SMILES格式等進(jìn)行檢索，檢索結(jié)果中給出了化合物的結(jié)構(gòu)，一些化合物的重要性質(zhì)，包括xlogP，溶解度，氫鍵給體和受體數(shù)目等，以及二維和三維結(jié)構(gòu)，供應(yīng)商信息。用戶可以自行繪制或輸入分子的SMILES字符串來上傳待檢索的分子，同時(shí)，還可以限定凈電荷量、xLogP、可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)、氫鍵供體和受體數(shù)等參數(shù)范圍。庫中的分子結(jié)構(gòu)均可被免費(fèi)下載，支持SMILES、mol2、3DSDF和DOCK flexibase格式，并且化合物的相關(guān)信息可以以表格形式下載，便于用戶使用。
5、DrugBank

(, 下載次數(shù): 196)
官網(wǎng)：http://www.drugbank.ca
該數(shù)據(jù)庫是一個(gè)獨(dú)特的生物信息學(xué)和化學(xué)信息資源相結(jié)合的藥物和藥物靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包括8206個(gè)藥物條目，包括1991個(gè)FDA批準(zhǔn)的小分子藥物，207個(gè)FDA批準(zhǔn)的生物技術(shù)（蛋白/肽）的藥物，93個(gè)營養(yǎng)品和6000的實(shí)驗(yàn)藥物。另外，4333個(gè)非冗余蛋白質(zhì)（即藥物靶標(biāo)/酶/轉(zhuǎn)運(yùn)體/）序列被鏈接到這些藥物條目上。
藥物信息包括了該藥物的CAS號(hào)、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D結(jié)構(gòu)、logP、logS、pKa、熔點(diǎn)、吸收性、Caco-2細(xì)胞穿透性、藥物類別和臨床使用、性質(zhì)描述、劑型與給藥途徑、半衰期、體內(nèi)的生物轉(zhuǎn)化、毒性、作用于哪些生物體、食物對(duì)服用的影響、與其它藥物的相互作用、作用機(jī)理、代謝途徑、藥理學(xué)特征、與蛋白質(zhì)的結(jié)合情況、溶解度、物質(zhì)形態(tài)、同義詞、關(guān)于合成的相關(guān)文獻(xiàn)等，還與ChEBI、GenBank、PubChem等外部數(shù)據(jù)庫有鏈接。
6、Toxnet

(, 下載次數(shù): 168)
官網(wǎng)：http://toxnet.nlm.nih.gov/
Toxnet是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館（nlm）的化合物毒性相關(guān)數(shù)據(jù)庫，包括藥品毒理學(xué)、危險(xiǎn)化學(xué)品和其它相關(guān)領(lǐng)域的信息，從Toxnet可對(duì)下列子數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索：
HSDB (危險(xiǎn)化合物數(shù)據(jù)庫)：內(nèi)含4500種毒性（或可能具有毒性的）化學(xué)藥品，以及其毒性、對(duì)環(huán)境的影響、化學(xué)安全性、廢棄物處置等相關(guān)領(lǐng)域的信息。
TOXLINE? ：包括藥物和其它化學(xué)物質(zhì)的生物化學(xué)、藥理學(xué)、生理學(xué)、毒理學(xué)的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫。其中有300萬條引文、幾乎都有摘要和/或檢索條、以及CA登錄號(hào)。
ChemIDplus ：對(duì)NLM數(shù)據(jù)庫中的化學(xué)物質(zhì)提供結(jié)構(gòu)式和專業(yè)信息。
7、Drug future

(, 下載次數(shù): 187)
官網(wǎng)：http://www.drugfuture.com/toxic/
RTECS主要包括以下六大類化學(xué)物質(zhì)的毒性數(shù)據(jù)：直接刺激性(Primary irritation)；致突變性(Mutagenic effects)；對(duì)生殖的影響(Reproductive effects，即致畸性)；致腫瘤性(Tumorigenic effects)；急性毒性(Acute toxicity)；其他多劑量毒性。
其中記錄有該化學(xué)物質(zhì)的數(shù)值毒性值，如半數(shù)致死量(LD50或LC50)，最低中毒劑量(TDLo)，最低中毒濃度(TCLo)等，以及實(shí)驗(yàn)所使用的物種和給藥途徑。除此之外，所有的數(shù)據(jù)也都列出了其文獻(xiàn)來源，然而并沒有對(duì)其有任何的評(píng)估。
該數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)大部分都較為久遠(yuǎn)，一些較新的化合物不被列入；此外，此數(shù)據(jù)庫查詢時(shí)會(huì)有一些bug，如需查詢一個(gè)化合物，最好通過不同方式如CAS號(hào)，通用名多次查詢，因?yàn)橛行┗衔锟赡芡ㄓ妹椴坏剑珻AS號(hào)卻能查到。
8、ChemBlink

(, 下載次數(shù): 213)
官網(wǎng)：http://www.chemblink.com/indexC.htm#opennewwindow
首頁檢索(該數(shù)據(jù)庫檢索與Drug future-化學(xué)物質(zhì)毒性數(shù)據(jù)庫類似，需通過CAS號(hào)和化學(xué)名等多次檢索，有時(shí)候CAS號(hào)搜不出來，化學(xué)名可以，如下面CAS號(hào)搜索沒有結(jié)果，但是用化學(xué)名Tetrabutylammonium bromide就可以得到結(jié)果)：提供化合物的安全技術(shù)說明書(MSDS)，說明書中毒性一欄(Toxicological Information)會(huì)提供化合物的一些毒性數(shù)據(jù)。
9、Chemical Book

(, 下載次數(shù): 189)
官網(wǎng)：http://www.chemicalbook.com/
ChemicalBook是一家致力于為化學(xué)行業(yè)用戶提供最有價(jià)值信息的資源平臺(tái)，平臺(tái)可以使用使用中文名稱,CAS號(hào),英文名稱,分子式,分子量,MDL號(hào),EINECS號(hào),結(jié)構(gòu)式等多種方式檢索，提供供化合物的安全技術(shù)說明書(MSDS)，說明書中毒性一欄(Toxicological Information)會(huì)提供化合物的一些毒性數(shù)據(jù)。
10.StoneMIND Collector-化學(xué)結(jié)構(gòu)極速識(shí)別軟件
能很快、很準(zhǔn)確地識(shí)別文獻(xiàn)和專利中的分子結(jié)構(gòu)式，對(duì)多元雜環(huán)，手性分子，天然產(chǎn)物等識(shí)別準(zhǔn)確度很高。只需截圖，就能迅速完成識(shí)別和輸出分子的SMILES和MOL式，并且MOL和SMILES式能在眾多化學(xué)編輯器中通用，通過粘貼的方法即可得到所需要的分子結(jié)構(gòu)式，用起來特別的方便~
（文章素材來源：化學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)盟）
作者: 如果    時(shí)間: 2023-4-10 01:32
用 KingDraw 呀！
KingDraw是國人自主研發(fā)的專業(yè)化學(xué)化學(xué)繪圖軟件。在KingDraw中，我們不僅能畫結(jié)構(gòu)式，還可以進(jìn)行拍照識(shí)別、手勢(shì)繪制、轉(zhuǎn)換3D模型、計(jì)算化學(xué)屬性、結(jié)構(gòu)式命名、標(biāo)記立體構(gòu)型、查詢化合物信息等多種實(shí)用功能，可以用于學(xué)習(xí)、教學(xué)、科研等多種場(chǎng)景。

(, 下載次數(shù): 207)
KingDraw支持手機(jī)、平板、電腦多個(gè)客戶端，無論是愛好化學(xué)的小萌新，還是專業(yè)的科研人員，KingDraw都會(huì)是你的必備神器！

(, 下載次數(shù): 213)
化合物百科，是KingDraw為用戶精心打造的化合物數(shù)據(jù)庫，收錄了1.5億條化合物信息，750萬化合物關(guān)聯(lián)國內(nèi)外供應(yīng)商。當(dāng)我們遇到不了解的化合物時(shí)，在KingDraw中畫好結(jié)構(gòu)式，通過化合物百科搜索一下，輕輕松松就可以查到化合物的相關(guān)信息。

(, 下載次數(shù): 192)

KingDraw手機(jī)端：化合物百科

如果需要查詢的結(jié)構(gòu)式比較復(fù)雜，我們可以直接通過“結(jié)構(gòu)式圖像識(shí)別”，快速提取書籍、文獻(xiàn)資料中的化學(xué)結(jié)構(gòu)式。圖像識(shí)別功能支持在手機(jī)、平板、電腦三端使用，方便我們?cè)诓煌h(huán)境下應(yīng)用。
感興趣的話，可以在KingDraw官網(wǎng)【<a href="http://link.zhihu.com/?target=http%3A//www.kingdraw.com" class=" wrap external" target="_blank" rel="nofollow noreferrer">www.kingdraw.com】，以及各大手機(jī)應(yīng)用商店下載需要的客戶端~
如果有疑問或者建議，可以隨時(shí)給我們留言，KingDraw的成長(zhǎng)需要您的支持?。?br />
(, 下載次數(shù): 211)

www.kingdraw.com
作者: 少年的春天    時(shí)間: 2023-4-10 03:13
scifinder畫一下就能搜到了。
作者: 獄友    時(shí)間: 2023-4-10 04:50
我做了一個(gè)“保姆級(jí)”教程，教大家一個(gè)奇技淫巧，甚至你不用懂化學(xué)，不清楚什么是化學(xué)結(jié)構(gòu)式，只要學(xué)了這一招，說不定還能唬住一些專業(yè)人士。
題主這個(gè)問題，我可以拆解成三個(gè)環(huán)節(jié)，保證你能查到任何已經(jīng)注冊(cè)過的化合物，甚至還可以預(yù)測(cè)一些未知化合物的性質(zhì)。
1、提取化學(xué)結(jié)構(gòu)式
2、提取化學(xué)結(jié)構(gòu)式的InChI Key編碼
3、根據(jù)化學(xué)結(jié)構(gòu)式的InChI Key編碼在PubChem等數(shù)據(jù)庫查詢
第一步：提取化學(xué)結(jié)構(gòu)式

對(duì)于一些小白來說，他們接觸到的化學(xué)結(jié)構(gòu)式往往是圖片格式的，當(dāng)然你可以用一些諸如ChemDraw等化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯器將它畫出來，再用結(jié)構(gòu)式編輯器相關(guān)功能查找性質(zhì)啥的，但是這樣子本身就需要你需要學(xué)習(xí)怎么把這個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)式繪制出來，這需要時(shí)間成本。往往很多人就只想找個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)式的性質(zhì)，不用大費(fèi)周章學(xué)什么畫化學(xué)結(jié)構(gòu)式（對(duì)化學(xué)生而言這是必備的技能），言歸正傳，我們拿到了一張帶有化學(xué)結(jié)構(gòu)式的圖片該怎么辦？
比如我隨手在網(wǎng)上找了一張化學(xué)結(jié)構(gòu)式的圖片，我要知道這個(gè)結(jié)構(gòu)式的信息，首先就需要提取這個(gè)結(jié)構(gòu)。

(, 下載次數(shù): 190)

一張帶有化學(xué)結(jié)構(gòu)式的圖片

（1）用InDraw這個(gè)工具，直接截圖識(shí)別這個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)式圖片，結(jié)構(gòu)就會(huì)被提取到InDraw的畫布上。可以在鷹谷信息的官網(wǎng)上找這個(gè)工具，它是完全免費(fèi)的。
InDraw-化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯器-結(jié)構(gòu)式搜索-結(jié)構(gòu)式圖像識(shí)別（2）用小剪刀圖標(biāo)截取圖片上的化學(xué)結(jié)構(gòu)式，稍等一下圖片上的化學(xué)結(jié)構(gòu)式就會(huì)被提取到InDraw的畫布上。

(, 下載次數(shù): 183)

用小剪刀圖標(biāo)截取圖片上的化學(xué)結(jié)構(gòu)式

第二步：提取化學(xué)結(jié)構(gòu)式的InChI Key編碼

框選畫布上的結(jié)構(gòu)，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，選擇復(fù)制為“InChI Key”

(, 下載次數(shù): 202)

框選畫布上的結(jié)構(gòu)，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，選擇復(fù)制為“InChI Key”

第三步：根據(jù)結(jié)構(gòu)的InChI Key編碼在PubChem等數(shù)據(jù)庫查詢

（1）打開PubChem網(wǎng)站，該網(wǎng)站的地址如下：
PubChem（2）在PubChem數(shù)據(jù)庫中的檢索框中粘貼你此前復(fù)制的InChI Key，然后點(diǎn)擊檢索框旁邊的"放大鏡"圖標(biāo)，就可以查找這個(gè)InChI Key。

(, 下載次數(shù): 228)

在PubChem數(shù)據(jù)庫中的檢索框中粘貼你此前復(fù)制的InChI Key

這個(gè)結(jié)構(gòu)的InChI Key編碼是：RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
（3）點(diǎn)擊待選結(jié)果，就可以進(jìn)到這個(gè)化合物的詳情頁。

(, 下載次數(shù): 181)
（4)進(jìn)到詳情頁可以獲取這個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)式更全面的信息。

(, 下載次數(shù): 206)
（5）如果你看不懂英文沒關(guān)系，在你的瀏覽器上面安裝一個(gè)翻譯插件就可以，把整個(gè)頁面翻譯成中文，推薦使用谷歌翻譯插件，這樣子對(duì)于一些學(xué)術(shù)詞匯的翻譯還算是比較準(zhǔn)確的。

(, 下載次數(shù): 198)

用翻譯插件翻譯頁面

（6）得到該化學(xué)結(jié)構(gòu)式的比較全面的中文信息，點(diǎn)擊目錄頁可以跳轉(zhuǎn)到相關(guān)的信息位置。

(, 下載次數(shù): 177)
結(jié)果解讀

可以看到PubChem提供的化學(xué)結(jié)構(gòu)式的信息還是比較全面的。基本上這個(gè)化合物的所有被研究過的科研基礎(chǔ)信息應(yīng)有盡有，國內(nèi)很多化合物的數(shù)據(jù)來源就是PubChem，算是比較全面的。

(, 下載次數(shù): 194)
題主想找的化合物的基本性質(zhì)可以看看“化學(xué)和物理信息”。我只截取了部分，如下。

(, 下載次數(shù): 202)

(, 下載次數(shù): 215)

(, 下載次數(shù): 188)

(, 下載次數(shù): 229)
計(jì)算化學(xué)屬性、物理描述、顏色/形式、氣味、味道、沸點(diǎn)、熔點(diǎn)、溶解度、密度、蒸氣壓、酸堿度、亨利常數(shù)等等應(yīng)有盡有。最關(guān)鍵的是，它所提供的數(shù)據(jù)還列出了相關(guān)的文獻(xiàn)來源，這樣子可以追溯到最原始的數(shù)據(jù)，可信度十分高。
這個(gè)是那個(gè)圖片上的結(jié)構(gòu)式的信息，可以自行查看體驗(yàn)。
Caffeine這套操作的背后的原理是什么？

如果你能看到這里，說明對(duì)以上的操作很好奇，但是這并不是很值得炫耀的技能。
其實(shí)這個(gè)是化學(xué)信息學(xué)的基本操作，然而很多高校并沒有特別重視這塊工具的使用以及相關(guān)數(shù)據(jù)庫的推薦，很多同學(xué)并不會(huì)，一問三不知，有同學(xué)甚至在百度上查找一些化合物數(shù)據(jù)，這其實(shí)相當(dāng)?shù)牟豢煽?，因?yàn)槭嵌值臄?shù)據(jù)來源。
當(dāng)然一些同學(xué)甚至連一個(gè)最基本的化學(xué)結(jié)構(gòu)式都畫不清楚，還需要加強(qiáng)學(xué)習(xí)。
我經(jīng)常會(huì)碰到有同學(xué)問幫忙找一個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)式的信息，這算是普遍的問題的，這當(dāng)然不怪他們，因?yàn)楹芏嗬蠋?，或者過了一定年齡的教授也并不知道還有很多新的工具可以運(yùn)用到化合物數(shù)據(jù)的檢索上。
考慮教程到要適用于最基本的小白，我希望是越簡(jiǎn)單越好，所以我就使用了OCSR工具，讓他們能夠點(diǎn)點(diǎn)鼠標(biāo)，用三步操作就可以獲取權(quán)威的數(shù)據(jù)。
1、什么是OCSR工具？

這個(gè)其實(shí)就是提取化學(xué)結(jié)構(gòu)式的工具，我演示的InDraw其實(shí)就是一種OCSR工具，它可以將圖片格式上的化學(xué)結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)化為可以編輯形式的結(jié)構(gòu)式文件，這個(gè)技術(shù)其實(shí)就是類似我們?nèi)粘＾k公用的OCR工具，可以將圖片上的文字轉(zhuǎn)化為可以字符格式的文字信息，方便我們加工和編輯。這只不過是換了一種形式，我曾經(jīng)寫過一篇文章，介紹過這項(xiàng)技術(shù)，也測(cè)試過市面上的一些OCSR軟件。如果你想了解更多，可以看看我這個(gè)回答。
有沒有能識(shí)別化學(xué)結(jié)構(gòu)式的ocr引擎？雖然現(xiàn)在基于深度學(xué)習(xí)的OCSR工具的識(shí)別正確率已經(jīng)相當(dāng)高了，但是它不能保證你提取到的化學(xué)結(jié)構(gòu)式是完全正確的，有可能缺一個(gè)原子少一根化學(xué)鍵，所以就需要你后期去糾錯(cuò)。保證畫布上的化學(xué)結(jié)構(gòu)式和圖片上的完全一樣就行。
2、什么是InChI Key？

在聊InChI Key 之前要從InChI說起，而提到InChI又不得不提到化學(xué)線性表示符。對(duì)于計(jì)算機(jī)而言，它“精通”的是處理代碼和字符串。在人類看來簡(jiǎn)單又直觀的化學(xué)結(jié)構(gòu)式對(duì)計(jì)算機(jī)而言，卻不是那么簡(jiǎn)單，計(jì)算機(jī)需要把它轉(zhuǎn)化為一定的圖結(jié)構(gòu)。最早期，一些化學(xué)家為了讓電腦也能存儲(chǔ)化學(xué)結(jié)構(gòu)，就發(fā)明了化學(xué)線性表示符，比如SMILES式，只用一串代碼就可以表示化學(xué)結(jié)構(gòu)。
但是規(guī)范的SMILES存在無法自由使用的問題，因?yàn)槠渖伤惴ㄊ巧虡I(yè)性的。史蒂夫·海勒（Steve Heller）和史蒂夫·斯坦（Steve Stein）于1999年提出InChI，以開發(fā)可自由使用的化合物的規(guī)范表示法。后來，第一個(gè)版本在2005年與IUPAC合作宣布。自2009年以來，它一直由一個(gè)名為InChI Trust的組織進(jìn)行管理和開發(fā)。
What on Earth is InChI? - IUPAC 100
(, 下載次數(shù): 197)
InChI編碼是國際純粹與應(yīng)用化學(xué)聯(lián)合會(huì)International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) 給出的每種化合物化學(xué)結(jié)構(gòu)的唯一識(shí)別碼。
InChI是以人類可以理解的形式編寫的分子信息。由于每種化合物都具有不同的InChI，因此可以認(rèn)為它與化合物名稱的IUPAC名稱相似。如前所述，與Canonical SMILES的不同之處在于生成算法是非盈利性的，可以自由使用。
而涉及到一些分子比較復(fù)雜，所生成的InChI可能比較長(zhǎng)，如果用來檢索就比較麻煩，于是乎對(duì)InChI進(jìn)行哈希運(yùn)算會(huì)得到 InChI Key，這是固定長(zhǎng)度為25個(gè)字符的分子表示形式，也稱為哈希InChI。與InChI不同，很少會(huì)從不同的分子生成相同的InChIKey。在實(shí)際使用中，可以用 InChI Key 作為關(guān)鍵字檢索出對(duì)應(yīng)的 InChI，再做進(jìn)一步的使用。
除了我在上面演示的PubChem這個(gè)數(shù)據(jù)庫外還有很多數(shù)據(jù)庫也采用InChI編碼儲(chǔ)存化學(xué)結(jié)構(gòu)。
數(shù)據(jù)庫名稱化學(xué)結(jié)構(gòu)數(shù)量網(wǎng)站
PubChem9300萬結(jié)構(gòu)以上https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
European Biometrics Institute UniChem1.51億結(jié)構(gòu)以上https://www.ebi.ac.uk/unichem/ucquery/stats
Royal Society of Chemistry – ChemSpider1.14億結(jié)構(gòu)以上https://www.chemspider.com/
National Cancer Institute – Chemical Structure Lookup Service（NCI）7400萬結(jié)構(gòu)以上https://cactus.nci.nih.gov/cgi-bin/lookup/search
ChemNavigator iResearch Library3.71億結(jié)構(gòu)以上https://www.chemnavigator.com/cnc/products/irl.asp
Elsevier – Reaxys2900萬結(jié)構(gòu)以上https://www.elsevier.com/solutions/reaxys
ACS/CAS – Chemical Abstracts Service1.5億結(jié)構(gòu)以上https://www.cas.org/
3、除了查詢這些數(shù)據(jù)庫外，用結(jié)構(gòu)式編輯器可以預(yù)測(cè)化合物性質(zhì)

這個(gè)我就以InDraw為例，還是使用那個(gè)圖片上的化學(xué)結(jié)構(gòu)，可以來預(yù)測(cè)它的一些基本物性，其實(shí)很多物性都是基于一些方程編制的算法來計(jì)算的，有一些數(shù)據(jù)庫所提供的的物性除了是實(shí)驗(yàn)實(shí)測(cè)值外，一些也可能是計(jì)算的，因?yàn)檫@個(gè)世界上的化合物實(shí)在太多，很難面面俱到。

(, 下載次數(shù): 224)
當(dāng)然你還可以用ChemDraw來預(yù)測(cè)，如果是畫在化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯器中的結(jié)構(gòu)，那就太好了，因?yàn)榭梢圆挥肙CSR來識(shí)別和轉(zhuǎn)化，最萬能的方式就是可以把它保存為.mol格式，這樣子其他各種款式的化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯器一般都能打開。
由于InDraw和ChemDraw可以直接雙向通訊，你把InDraw畫布上的化學(xué)結(jié)構(gòu)粘貼到ChemDraw里面就可以正常的顯示。讓我們?cè)贑hemDraw里面來預(yù)測(cè)預(yù)測(cè)一下這個(gè)結(jié)構(gòu)的一些性質(zhì)。

(, 下載次數(shù): 201)

用ChemDraw來預(yù)測(cè)性質(zhì)

一些寶藏化學(xué)數(shù)據(jù)庫

1、國外的化學(xué)數(shù)據(jù)庫

PubChem https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

(, 下載次數(shù): 205)
PubChem 檢索可得到的結(jié)果包含了分子式、SMILES、2D和3D結(jié)構(gòu)、InChI和InChIKey、相對(duì)分子質(zhì)量、脂水分配系數(shù)、氫鍵受體和供體數(shù)目、可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目、互變異構(gòu)體數(shù)目等基本的結(jié)構(gòu)信息和物化性質(zhì)，除此以外，還有該化合物作為藥物的劑型和商品信息、藥理性質(zhì)、毒性、生物活性檢測(cè)等信息，并通過文獻(xiàn)分類副標(biāo)題可以查看相關(guān)文獻(xiàn)
NIST Chemistry WebBook https://webbook.nist.gov/chemistry/name-ser/

(, 下載次數(shù): 209)
美國國家標(biāo)準(zhǔn)與技術(shù)研究院（National Institute of Standards and Technology，NIST）直屬美國商務(wù)部，從事物理、生物和工程方面的基礎(chǔ)和應(yīng)用研究，以及測(cè)量技術(shù)和測(cè)試方法方面的研究，提供標(biāo)準(zhǔn)、標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)及有關(guān)服務(wù)，在國際上享有很高的聲譽(yù)。NIST的科學(xué)家主要從事生物技術(shù)、化學(xué)、半導(dǎo)體電子學(xué)、陶瓷學(xué)、物理學(xué)、光電子學(xué)、防火、聚合物、信息技術(shù)、制造工程和計(jì)量科學(xué)。
ChemSpider http://www.chemspider.com/

(, 下載次數(shù): 199)
ChemSpider是一個(gè)隸屬于英國皇家化學(xué)會(huì)的匯總數(shù)據(jù)庫，包含了來自不同資源提供的五千五百多個(gè)化合物信息?，F(xiàn)在，該數(shù)據(jù)庫含有的信息包括海洋天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)、ACD實(shí)驗(yàn)室化學(xué)數(shù)據(jù)庫、EPA的DSSTox數(shù)據(jù)庫以及來自不同供應(yīng)商的一系列化學(xué)物質(zhì)信息。數(shù)據(jù)庫擁有多種搜索工具，而且大多數(shù)化合物都有計(jì)算物理化學(xué)性質(zhì)值。
Phenol-Explorer http://phenol-explorer.eu/

(, 下載次數(shù): 194)
Phenol-Explorer是第一個(gè)專門為食品中多酚含量創(chuàng)建的綜合數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫中含有400種食物中500個(gè)不同多酚類物質(zhì)的35,000多個(gè)含量值。這些數(shù)據(jù)信息是從1,300多篇科學(xué)文獻(xiàn)當(dāng)中提及的60,000多種原始含量值中提取而來。
ZINC https://zinc.docking.org/

(, 下載次數(shù): 202)
包含2000多萬個(gè)化合物分子，適用于虛擬篩選。用戶可以自行繪制或輸入分子的SMILES字符串來上傳待檢索的分子，同時(shí)，還可以限定凈電荷量、xLogP、可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)、氫鍵供體和受體數(shù)等參數(shù)范圍。庫中的分子結(jié)構(gòu)均可被免費(fèi)下載，支持SMILES、mol2、3DSDF和DOCK flexibase格式，并且化合物的相關(guān)信息可以以表格形式下載，便于用戶使用。
DrugBank https://go.drugbank.com/

(, 下載次數(shù): 201)
藥物信息包括了該藥物的CAS號(hào)、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D結(jié)構(gòu)、logP、logS、pKa、熔點(diǎn)、吸收性、Caco-2細(xì)胞穿透性、藥物類別和臨床使用、性質(zhì)描述、劑型與給藥途徑、半衰期、體內(nèi)的生物轉(zhuǎn)化、毒性、作用于哪些生物體、食物對(duì)服用的影響、與其它藥物的相互作用、作用機(jī)理、代謝途徑、藥理學(xué)特征、與蛋白質(zhì)的結(jié)合情況、溶解度、物質(zhì)形態(tài)、同義詞、關(guān)于合成的相關(guān)文獻(xiàn)等，還與ChEBI、GenBank、PubChem等外部數(shù)據(jù)庫有鏈接。
Toxnet http://toxnet.nlm.nih.gov/

(, 下載次數(shù): 208)
Toxnet是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館（nlm）的化合物毒性相關(guān)數(shù)據(jù)庫，包括藥品毒理學(xué)、危險(xiǎn)化學(xué)品和其它相關(guān)領(lǐng)域的信息，從Toxnet可對(duì)下列子數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索：HSDB (危險(xiǎn)化合物數(shù)據(jù)庫)：內(nèi)含4500種毒性（或可能具有毒性的）化學(xué)藥品，以及其毒性、對(duì)環(huán)境的影響、化學(xué)安全性、廢棄物處置等相關(guān)領(lǐng)域的信息。TOXLINE 包括藥物和其它化學(xué)物質(zhì)的生物化學(xué)、藥理學(xué)、生理學(xué)、毒理學(xué)的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫。其中有300萬條引文、幾乎都有摘要和/或檢索條、以及CAS登錄號(hào)。
2、國內(nèi)的化學(xué)數(shù)據(jù)庫

Drug future www.drugfuture.com/toxic/

(, 下載次數(shù): 224)
RTECS主要包括以下六大類化學(xué)物質(zhì)的毒性數(shù)據(jù)：直接刺激性(Primary irritation)；致突變性(Mutagenic effects)；對(duì)生殖的影響(Reproductive effects，即致畸性)；致腫瘤性(Tumorigenic effects)；急性毒性(Acute toxicity)；其他多劑量毒性。其中記錄有該化學(xué)物質(zhì)的數(shù)值毒性值，如半數(shù)致死量(LD50或LC50)，最低中毒劑量(TDLo)，最低中毒濃度(TCLo)等，以及實(shí)驗(yàn)所使用的物種和給藥途徑。最好通過不同方式如CAS號(hào)，通用名多次查詢，因?yàn)橛行┗衔锟赡芡ㄓ妹椴坏剑珻AS號(hào)卻能查到。
ChemBlink https://www.chemblink.com/indexC.htm#opennewwindow/

(, 下載次數(shù): 219)
首頁檢索(該數(shù)據(jù)庫檢索與Drug future-化學(xué)物質(zhì)毒性數(shù)據(jù)庫類似，需通過CAS號(hào)和化學(xué)名等多次檢索，有時(shí)候CAS號(hào)搜不出來，化學(xué)名可以，如下面CAS號(hào)搜索沒有結(jié)果，但是用化學(xué)名Tetrabutylammonium bromide就可以得到結(jié)果)：提供化合物的安全技術(shù)說明書(MSDS)，說明書中毒性一欄(Toxicological Information)會(huì)提供化合物的一些毒性數(shù)據(jù)。
Chemical Book www.chemicalbook.com/

(, 下載次數(shù): 198)
ChemicalBook是一家致力于為化學(xué)行業(yè)用戶提供最有價(jià)值信息的資源平臺(tái)，平臺(tái)可以使用使用中文名稱,CAS號(hào),英文名稱,分子式,分子量,MDL號(hào),EINECS號(hào),結(jié)構(gòu)式等多種方式檢索，提供供化合物的安全技術(shù)說明書(MSDS)，說明書中毒性一欄(Toxicological Information)會(huì)提供化合物的一些毒性數(shù)據(jù)。
物競(jìng)數(shù)據(jù)庫 http://www.basechem.org/

(, 下載次數(shù): 219)
物競(jìng)數(shù)據(jù)庫是一個(gè)全面、專業(yè)、專注，并且免費(fèi)的中文化學(xué)品信息庫，為學(xué)生、學(xué)者、化學(xué)品研究機(jī)構(gòu)、檢測(cè)機(jī)構(gòu)、化學(xué)品工作者提供專業(yè)的化學(xué)品平臺(tái)進(jìn)行交流。數(shù)據(jù)庫采用全中文化服務(wù)，完全突破了中英文在化學(xué)物質(zhì)命名、化學(xué)品俗名、學(xué)名等方面的差異，所提供的數(shù)據(jù)全部中文化，更方便國內(nèi)從事化學(xué)、化工、材料、生物、環(huán)境等化學(xué)相關(guān)行業(yè)的工作人員查詢使用。
蓋得化工網(wǎng) https://china.guidechem.com/

(, 下載次數(shù): 192)
蓋德化工網(wǎng)，誕生于2009年，提供基于互聯(lián)網(wǎng)平臺(tái)的專業(yè)性貿(mào)易撮合與促進(jìn)服務(wù)，為化學(xué)品采購商和供應(yīng)商提供服務(wù)，平臺(tái)在以真實(shí)、精準(zhǔn)、豐富為目標(biāo)，建立了化工產(chǎn)品庫、公司數(shù)據(jù)庫，提供自動(dòng)撮合匹配的采購?fù)ǚ?wù)，可大大提高采購商找產(chǎn)品效率。為助力化工企業(yè)研發(fā)、安全管理，建立了蓋德化工字典數(shù)據(jù)庫，目前已收錄了7000多萬條化合物數(shù)據(jù)，包括結(jié)構(gòu)式、物化屬性、用途、安全數(shù)據(jù)、核磁圖譜、合成路線等。
化源網(wǎng) https://www.chemsrc.com/casindex/

(, 下載次數(shù): 200)
化源網(wǎng)提供全方面的化合物搜索，包括常規(guī)搜索，官能團(tuán)和結(jié)構(gòu)式搜索，是國內(nèi)僅有的一兩個(gè)能提供全面搜索服務(wù)的網(wǎng)站之一。擁有自主產(chǎn)權(quán)的化合物搜索引擎。特點(diǎn)是速度快、結(jié)果準(zhǔn)確、輸入智能模糊容錯(cuò)?；淳W(wǎng)的搜索即搜即得，最佳匹配您的需求?；衔飻?shù)據(jù)庫豐富。目前收錄了500多萬條唯一CAS編碼的產(chǎn)品信息，產(chǎn)品信息全面涵蓋產(chǎn)品的合成路線，文獻(xiàn)索引，理化性質(zhì)，上下游產(chǎn)品，MSDS，供應(yīng)商信息。另外億級(jí)化合物數(shù)據(jù)庫產(chǎn)品陸續(xù)添加中。
化學(xué)加 http://data.huaxuejia.cn/

(, 下載次數(shù): 196)
化學(xué)加搜索——全球三大化合物數(shù)據(jù)庫之一，2018年11月獲得國家級(jí)“大數(shù)據(jù)科技傳播獎(jiǎng).優(yōu)秀團(tuán)體創(chuàng)新獎(jiǎng)”。與化學(xué)加APP、微信小程序同步。超過4000萬條CAS號(hào)，數(shù)據(jù)精準(zhǔn)，且已關(guān)聯(lián)上該產(chǎn)品的所有已入駐化學(xué)加網(wǎng)的供應(yīng)商。CAS號(hào)：又稱CAS NO.、 CAS Registry Number、CAS Number 、CAS登錄號(hào) 。龐大的化合物名數(shù)據(jù)庫，超過1.2億條化合物數(shù)據(jù)，覆蓋中文與英文。且已關(guān)聯(lián)上該產(chǎn)品的所有已入駐化學(xué)加網(wǎng)的供應(yīng)商。智能的化學(xué)式輸入識(shí)別，最靈活的輸入方式，精準(zhǔn)的搜索結(jié)果。
作者: 球球    時(shí)間: 2023-4-10 06:38
蟹腰，人在xx，剛下xx。

(, 下載次數(shù): 212)
一、用 scifinder 畫出結(jié)構(gòu)式并搜索。它是經(jīng)典化學(xué)搜索引擎，一搜解千愁。當(dāng)然，要付費(fèi)。
二、學(xué)校沒買 scifinder？可以用 ACD Chemsketch 免費(fèi)版，或者 XX 版的 ChemOffice，畫出結(jié)構(gòu)式，命名，根據(jù)名稱，用谷歌搜。
三、在線搜化學(xué)結(jié)構(gòu)式的免費(fèi)搜索工具：
四、這個(gè)問題你上小木蟲問，更容易得到答案。貴乎已經(jīng)淪為泛娛樂和帶貨平臺(tái)了你懂的。

我也帶個(gè)貨：

<a data-draft-node="block" data-draft-type="mcn-link-card" data-mcn-id="1548553830132006912">



歡迎光臨 愛鋒貝 (http://7gfy2te7.cn/) Powered by Discuz! X3.4